Cũng giống như các lễ hội của cư dân nông nghiệp, lễ hội chùa Keo không vượt ra ngoài hằng số của lịch sử văn hoá cổ truyền là nông nghiệp – nông thôn – nông dân. Đó là hình thức sinh hoạt văn hoá cộng đồng gắn liền với đời sống tinh thần của người làm nông nghiệp, nên lễ hội chùa Keo là lễ hội của nền văn minh nông nghiệp, của những lễ nghi và tín ngưỡng nông nghiệp. Khi đi sâu vào nghiên cứu, tìm hiểu lễ hội chùa Keo, ta thấy có rất nhiều lớp văn hoá chồng lấn lên nhau, thể hiện qua các hình thức tín ngưỡng và nghi lễ nông nghiệp, mà nổi bật nhất là tín ngưỡng sùng nước và nghi lễ cầu nước, cầu mưa.
Từ xa xưa, nước đã trở thành vật báu linh thiêng và cũng là vật đáng sợ trong tâm thức nhà nông. Cũng từ đó mà nghi lễ và tín ngưỡng cầu nước được nảy sinh làm cầu nối giữa con người với thần thánh lúc cần thiết. Chúng ta thường gặp lễ dìm cây bạch dương hay lễ phục sinh cầu nước của người Nga, lễ trói bồ tát cầu mưa thể hiện tính chất mạnh mẽ cương quyết của người Choang (Trung Quốc) khi muốn giành quyền chủ động điều tiết nguồn nước. Người Việt lại chọn một lối ứng xử khác, thân thiện và mềm dẻo hơn. Vì thế, hầu như mọi lễ hội, kể cả Tết cổ truyền – với tư cách là lễ hội lớn nhất của một dân tộc, người ta luôn bắt gặp những nghi thức thờ nước hoặc những tục trò liên quan đến tục thờ nước. Lễ hội chùa Keo cũng không nằm ngoài quy luật đó.
Trong lễ hội chùa Keo, tín ngưỡng sùng nước và nghi lễ cầu nước được thể hiện đầu tiên ở hội đua thuyền (bơi trải). Vào chiều ngày 13/9 và các ngày 14, 15 tháng 9 (âm lịch) diễn ra cuộc đua trải của 8 giáp trên sông Hồng. Khi pháo hiệu nổ, các thuyền đua hò nhau xé nước cắm cọc tiêu treo phướn đỏ lướt tới băng băng. Hai bên bờ sông tiếng trống, tiếng người reo hò vang dậy, cờ treo rợp trời. Trên làn sóng nước dập dềnh, các tay chèo loang loáng mái dầm, giành nhau từng lợi thế, thể hiện tài trí và nghệ thuật đua của cộng đồng dân cư, với động tác ra sức bổ mạnh mái dầm xuống nước tạo vận tốc tối đa cho thuyền đua để giành chiến thắng cho đội mình; đồng thời đó cũng là sự chấn hưng lớn khiến sông nước phẳng lặng, bình yên bỗng dưng nổi sóng. Trên bờ, tiếng chiêng, tiếng trống khuấy động một vùng trời như tiếng sấm sét làm thần linh cũng phải thức giấc. Những lá cờ phất dọc, phất ngang như đang tạo ra những trận gió lớn. Những mái chèo khuấy động một vùng sông nước cùng muôn tiếng trống khua hoà hợp với tiếng nước bắn lên tung toé như sấm động mưa tuôn, từ đó tạo ra khung cảnh cơn mưa xuất hiện.
Ở lễ hội chùa Keo không chỉ có hội đua thuyền trên sông mà còn có hội bơi trải cạn (đây là một nét đặc biệt chỉ có riêng ở lễ hội chùa Keo) chứng tỏ tín ngưỡng sùng nước và mong muốn có nguồn nước dồi dào của cư dân trong vùng là rất lớn. Tự lệ trong bơi trải cạn cũng giống như bơi trải sông. Đội bơi đứng hai hàng trước ban thờ như đội hình đứng trên mạn thuyền. Theo tiếng mõ của ông chấp hiệu, 12 tay chèo dướn toàn thân về phía trước, chân dậm, miệng hò dô nhịp nhàng như đang cùng cất vang khúc khải hoàn trông thật hoành tráng.
Như vậy, trong tâm thức của nhân dân trong vùng, hội bơi trải không chỉ tạo ra không khí hồ hởi, hào hứng, xóa đi những lo toan hiện thực, con người thực sự thăng hoa để chỉ còn cảm giác được say sưa cùng mây trời sông nước, mà hội bơi trải chùa Keo còn là mong muốn của người dân cố sức tác động đến thế giới thần linh, khuấy động Long cung, đánh thức Thủy thần dậy để nghe lời cầu khẩn của cư dân nơi đây, từ đó điều hoà lượng nước hàng năm để nhân dân cày cấy thuận lợi, mưa thuận, gió hòa, vạn vật sinh sôi nảy nở. Nguồn nước như một phúc thần mang lại phúc lộc cho cả năm.
Hình ảnh những con thuyền trong lễ hội chùa Keo, bao gồm cả những con thuyền trong các cuộc bơi trải và cả con thuyền trong lễ rước Không Lộ thiền sư đều là hình rồng. Nếu như những con thuyền hình dáng mặt trăng mang dụng ý tạ ơn mặt trăng, thuyền hình chim thể hiện cuộc sống, sinh hoạt của cư dân miền núi thì con thuyền hình rồng là biểu tượng của môi trường sông nước, phổ biến hơn trong đời sống đương đại khi mà cuộc sống của con người đã dần tiến về phía các dòng sông. Con thuyền như cầu nối giữa con người và thần linh, nó khiến cho mối giao hoà giữa con người và thần nước trở lên gần gũi hơn.
Bên cạnh đó, để cầu mưa, cầu nước, người dân làng Keo còn thông qua trò tung pháo (ném pháo) trong lễ hội mùa xuân. Tung pháo không chỉ là một trò chơi đặc sắc mà nó còn thể hiện nghi thức cầu mưa, cầu nước. Trong tâm thức của cư dân làng Keo từ xa xưa, tiếng pháo nổ giòn tan là sự mô phỏng tiếng sấm, tiếng sét, làm giả tiếng sấm, tiếng sét để cầu mưa. Khi quả pháo lớn nổ vang lên cũng là lúc chiếc dù tung lên không trung treo một tấm vải đề dòng chữ “Thiên Hạ Thái Bình, Phong Đăng Hoà Cốc”. Năm nào cuộc thi có người ném pháo trúng vào lá đề treo trên cao, pháo nổ giòn giã sẽ báo hiệu năm đó mùa màng tốt tươi, bởi người dân tin rằng pháo nổ đinh tai như sấm, với ánh chớp sáng loé như ánh chớp trong cơn dông, làm náo động cả trời cao phải cho mưa tuôn xuống. Ruộng vườn, cây cối sẽ được tắm trong những dòng nước mát và cũng là lúc niềm vui no đủ, sung túc sẽ gõ cửa ngôi nhà hạnh phúc của mỗi người dân trong làng.
Như vậy, tín ngưỡng sùng nước và nghi lễ cầu nước, cầu mưa được thể hiện rất rõ trong lễ hội chùa Keo, là một bộ phận quan trọng cấu thành nên những tín ngưỡng và nghi lễ nông nghiệp trong lễ hội.